|
|
Charakterizace oocytů afrických rypošů
KOPECKÁ, Eva
This study is focused on the characterization of oocytes of long-lived rodents, naked mole-rat, and giant mole-rat, which are emerging models of long-term oocyte and ovarian quality. In the second part, the effect of repeated ovulations on aging-associated quality decline of oocytes is studied, comparing mouse and giant mole-rat.
|
|
|
Analýza epigenetického profilu u pacientů s neurovývojovým onemocněním
Vítková, Magdalena ; Steiner Mrázová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejčík, Zdeněk (oponent)
Neurovývojová onemocnění (NDD) jsou onemocnění charakterizována abnormálním vývojem centrálního nervového systému a mozku, zároveň mohou být spojena se specifickou změnou metylace DNA. Rychlý rozvoj sekvenačních technik především celogenomového (whole genome sequencing; WGS) a celoexomového sekvenování (whole exome sequencing, WES) napomohl k odhalení celé řady genů spojených s NDD. Problémem v diagnostice pacientů s NDD zůstává určení patogenity nalezených variant. Analýza metylačních profilů pomocí mikročipů nebo metylačního sekvenování u pacientů s NDD nesoucí variantu nejasného významu (variant of uncertain signifikance, VUS) může poskytnout cenné informace k řešení tohoto problému. V této diplomové práci je ukázána možnost využití těchto přístupů k funkční klasifikaci nalezených variant v genech KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3 a KDM5C. Cílem bylo zjistit, zda u pacientů s NDD v porovnání s dalšími probandy a zdravými kontrolami dochází ke změnám v epigenetickém profilu, na jehož základě by mohla být potvrzena diagnóza. Klíčová slova: epigenetický profil, DNA metylace, histonová modifikace, NDD, KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3
|
|
|
Effect of cancer therapy on fertilization parameters in testicular germ cell tumour patients.
Kruf, Annabelle Elisabeth ; Vondráková, Jana (vedoucí práce) ; Nevoral, Jan (oponent)
Germinální nádory varlat postihují dominantně věkovou skupinu mužů 15-35 let, v které jsou nejčastějším typem nádoru. Vliv nádoru a jeho léčby na spermie a plodnost je zatím málo prozkoumán. Tato diplomová práce studuje parametry spermií, které porovnává v rámci tří skupin dle času odběru vzorku. Skupiny jsou rozdělené na odběr před léčbou, odběr tři měsíce po skončení léčby a šest měsíců po skončení léčby. Do této práce bylo zahrnuto 84 vzorků od 46 pacientů. Kromě toho, dva pacienti s kompletní sadou vzorků byli přezkoumáni individuálně jako případové studie. Výsledky ukázaly velkou heterogenitu ve vzorcích a podtrhují individualitu pacientů, která je důležitá pro klinické aplikace a případné použití ejakulátu v centrech asistované reprodukce. Viabilita spermií, koncentrace, apoptotické změny, poškození DNA, akrozomální integrita, koncentrace leukocytů a změny histonových modifikací spermií neukázaly signifikantní rozdíl před léčbou ani po léčbě. Koncentrace IgA protilátek významně vzrostla po 3 měsících od operace a léčby. Na druhou stranu IgG protilátky tento trend nevykazují. Kromě těchto parametrů byla v této diplomové práci použita nová metoda, která používá ko-transfekované HEK293T/17 buňky jako model lidského vajíčka. Tato metoda testuje fyziologickou schopnost spermií navázat se na...
|
|
|
Epigenetic Dysregulation through Histone Modifications in Lymphoma
Hostaš, Ondřej ; Havránek, Ondřej (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
Lymfomy jsou různorodá skupina nádorů, které vznikají z lymfocytů a často se tvoří v lymfatických uzlinách nebo ve slezině. Lymfomy jednak patří mezi jedny z nejčastějších druhů zhoubných nádorů ve světě, a spousta typů má špatnou prognózu anebo není zatím možné jejich úplné vyléčení. U některých typů lymfomů, stejně tak jako u spousty jiných druhů nádorových onemocnění, jsou velmi časté mutace enzymů, které se funkčně podílejí na post-translačních modifikacích histonových proteinů. Tyto enzymy přímo ovlivňují genovou expresi tím, že mění kondenzaci a tím i přístupnost chromatinu. Vzhledem k tomu, že některé z těchto enzymů hrají důležitou roli při vzniku zárodečných center v lymfoidních folikulech, jejich mutace mohou vést k nekontrolované proliferaci a vzniku nádorového onemocnění. Standardní léčebné přístupy pomocí chemo-imunoterapie nejsou u podstatné části lymfomů dostatečné k jejich vyléčení. Nové a více cílené postupy s případnou inhibicí nebo modulací funkce těchto enzymů jsou tak nadějné cíle při hledání nových forem léčby. Klíčová slova: lymfomy, epigenetická regulace, histonové modifikace, KMT2D, EZH2, CREBBP, EP300
|
|
|
Vliv estrogenů na in vitro modely testikulární tkáně a spermatogeneze
Jursová, Pavlína ; Děd, Lukáš (vedoucí práce) ; Tlapáková, Tereza (oponent)
Přestože jsou estrogeny známy především pro jejich funkce v ženském reprodukčním systému, jejich vliv na mužské reprodukční funkce byl již také vcelku dobře objasněn. Fyziologické koncentrace estrogenů jsou esenciální pro správný průběh spermatogeneze. Regulují celou řadu funkcí v testikulární tkáni, včetně proliferace a apoptózy všech typů testikulárních buněk, dynamické restrukturalizace mezibuněčných spojení v testes a změn v zastoupení některých post-translačních modifikací histonů v jádrech testikulárních buněk. Cílem této diplomové práce bylo studovat jejich vliv na in vitro modely testikulární tkáně a spermatogeneze a tak hlouběji objasnit jejich funkce v testikulární tkáni. Součástí tohoto projektu bylo také ustanovení in vitro kultury testikulárních organoidů pro pozdější použití jako in vitro model spermatogeneze. Současně byly provedeny experimenty s MCF7 buněčnou liní, které byly použity k výběru vhodné formy estrogenu pro experimenty. Nakonec byly provedeny experimenty s TM4 buněčnou linií, která sloužila jako in vitro model testikulární tkáně. V rámci plnění cílů a ověřování stanovených hypotéz byly použity i některé pokročilejší metody jako například objemové konfokální zobrazování CLARITY či holografická mikroskopie. Bylo zjištěno, že estrogeny mají vliv na morfologii Sertoliho...
|
|
|
Rozdíly v acetylaci histonů v normoxii a hypoxii
Čepek, Pavel ; Poljaková, Jitka (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
Histony a jejich N a C konce podléhají kovalentním modifikacím, které regulují transkripci genů. Mezi histonové modifikace patří methylace, ubikvitinylace, SUMOylace, ADP- ribosylace, fosforylace, prolinová izomerace, deiminace a acetylace. Acetylace histonů je regulována histonacetyltransferasami (HATs) a histondeacetylasami (HDACs). Rovnováha mezi acetylací/deacetylací histonů ovlivňuje kompaktnost chromatinu a podílí se na regulaci genové exprese. U řady lidských nádorů je acetylační rovnováha porušena a může přispívat k rozvoji maligních onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDACi) umožňují tuto porušenou acetylační rovnováhu vyrovnávat. Jeden z těchto inhibitorů je kyselina valproová (VPA), již používaná k léčbě epilepsie. V několika studiích bylo prokázáno, že VPA vykazuje protinádorové účinky. U nádorových neuroblastomových linií byla zaznamenána např. snížená exprese n-myc onkoproteinu, inhibice buněčného růstu či angiogeneze. Ačkoliv je přesný mechanizmus účinku VPA na nádorové buněčné linie stále nejasný, za jeden z důležitých protinádorových účinků je povážována hyperacetylace histonů H3 a H4. V této práci je ukázáno, že kyselina valproová zvyšuje acetylaci histonů H3 a H4 v lidských neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-3 a SK-N-AS. Nejvyšší acetylace histonu H3 byla v hypoxii...
|
|
|
Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.
Chmel, Martin ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Urbanová, Jana (oponent)
Úvod: V současné postgenomické době představuje studium epigenetických regulací jeden z nástrojů pro porozumění funkci genů. Epigenetické regulace mohou přímo řídit časovou a prostorovou aktivitu genů či jejich umlčení. Molekulární podstata těchto regulací spočívá v modifikaci bází DNA, remodelaci chromatinu a RNA interferenci. Zároveň tyto mechanismy vykazují vlastní způsob přenosu dědičné informace do dalších generací nazývaný epigenetikcá dědičnost. V rámci mnoha chorob byla jako příčina prokázána deregulace epigenetické informace určitých genů. Z tohoto důvodu se jeví studium epigenomu HLA genů jako zvláště důležité, neboť tyto geny hrají zásadní roli v regulaci imunitního systému. Cíle: Cílem této práce je vytvořit popis epigenetických modifikací v rámci rodin. Jedná se o analýzu histonových modifikací a metylace DNA v promotorovém úseku genu HLA DQA1. Cílem bylo rovněž srovnat rozdíly v epigenetických modifikacích mezi alelami a také srovnání rozdílů v daných modifikacích mezi generacemi. Získané výsledky budou porovnány s analýzou míry exprese genu HLA DQA1. Metody: Z odebrané periferní krve dárců byly izolovány DNA, RNA a leukocyty. DNA byla použita ke genotypizaci. Další část vzorků DNA byla konvertována bisulfitovou metodou a posléze sekvenována. Ze získaných dat byla provedena analýza...
|
|
|
Rekombinační hot-spoty u různých organismů
Stočesová, Lucie ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Meiotická rekombinace je významný proces, který probíhá v pohlavně se rozmnožujících organismech a vytváří nové kombinace alel. Frekvence i distribuce crossing-overů je ovlivněna mnoha vnitřními a vnějšími faktory. Místa s vyšší frekvencí crossing-overů se nazývají rekombinační hot-spoty a v této práci jsou rozděleny na ancestrální a odvozené. Ancestrální hot-spoty jsou původnější a určují je především histonové modifikace, oblasti bez nukleozomů, promotory a sekvenční motivy. Tento typ hot-spotů mají například kvasinky, ptáci a rostliny. Odvozené hot-spoty jsou určeny proteinem PRDM9, který vyhledává sekvenční motivy a vytváří u nich histonové modifikace. Odvozené hot-spoty jsou typické pro většinu savců, kromě psovitých. Psovití o funkční protein PRDM9 přišli kvůli mutacím genu Prdm9. Aktivita proteinu PRDM9 ničí cestou genové konverze původní umístění hot-spotů. Tento proces se nazývá "hot-spot paradox" a jeho řešením je velmi rychlá evoluce alel genu Prdm9. Tato práce shrnuje základní poznatky o distribuci a určení hot-spotů mezi eukaryotickými organismy. Blíže se zaměřuje na protein PRDM9, jeho stavbu, funkci a evoluci. V závěru práce je nastíněno určení polohy rekombinace u druhů bez hot-spotů a porovnání míry rekombinace mezi různými skupinami organismů.
|
|
|
Struktura minichromozomů polyomavirů
Satratzemis, Christos ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Mělková, Zora (oponent)
Genom polyomavirů se v hostitelské buňce nachází v podobě kruhové dvouvláknové DNA s nukleozomy. Exprese polyomavirových genů je tudíž ovlivněna rozmístěním nukleozomů na DNA a histonovými modifikacemi. Tato bakalářské práce shrnuje poznatky o struktuře polyomavirového minichromozomu a o efektech polohy nukleozomů a modifikací histonů na polyomavirový replikační cyklus. Práce zároveň popisuje faktory ovlivňující tyto jevy. Z dostupné literatury vyplývá, že pozice nukleozomů ani modifikace histonů nejsou náhodné, avšak ne všechny virové DNA molekuly jsou v těchto ohledech identické. Procesy jako časná a pozdní transkripce, replikace a enkapsidace tak probíhají pouze na určitých frakcích souboru molekul DNA.
|
|
|
Modifikace chromatinu v souvislosti s transgenerační pamětí rostlin na abiotické stresy
Vyskočilová, Barbara ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
Rostliny jsou neustále vystavovány mnohým stresovým faktorům, které mají za následek změnu exprese různých genů. Ta může být regulována na více úrovních, včetně modifikací struktury chromatinu. Některé z těchto modifikací mohou přetrvávat i po skončení období, kdy byla rostlina stresu vystavena a mohly by případně plnit roli jakési "stresové paměti". V této práci se zabývám tzv. meiotickou/transgenerační "stresovou pamětí" v souvislosti s působením abiotických stresorů. Na základě provedené kompilace uvedené problematiky lze konstatovat, že prací, které se zabývají touto problematikou, je poměrně málo a většinou se jedná o studie pocházející až na výjimky ze stejné laboratoře. Téměř všechny studie se zabývaly jen metylací DNA a jejich design nebyl vždy úplně optimální. Důkazů pro transgenerační "stresovou paměť" rostlin je podle mého názoru zatím nemnoho a bude rozhodně potřeba hlubších a dalších studií pro její potvrzení. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.